浄土真宗のお寺様では水子供養はいたしません。
亡き人は阿弥陀如来さまのお救いによって、浄土に生まれ阿弥陀さまと同じ仏様となります。
ゆえに、なくなった方に（水子も含め）善をふり向ける（追善）必要はないという考え方です。
ただし、水子に関しまして通常の方と同様に法要を行うことはできます。
法名を頂き過去帳に記載、年回法要を行うことで縁として通常の仏事を営みます。
法要は、お寺でも家の仏壇前でも営むことができます。